在Eclipse中，可以使用内置的版本控制系统（如Git、SVN等）来管理Java项目的版本。以下是使用Eclipse进行版本控制的基本步骤：
安装版本控制插件：首先确保已经安装了Eclipse的版本控制插件，例如EGit（Git插件）或Subclipse（SVN插件）。如果没有安装，请转到"Help" > “Install New Software”，然后从官方更新站点安装所需的插件。
创建或导入项目：创建一个新的Java项目或导入一个现有的项目到Eclipse工作空间。
初始化版本库：右键单击项目，选择"Team" > “Share Project”。在弹出的对话框中，选择相应的版本控制系统（例如Git或SVN），然后按照向导的提示操作。这将在项目文件夹中创建一个新的版本库。
添加文件到版本库：右键单击项目，选择"Team" > “Add to Index”（Git）或"Add to SVN"（SVN）。这将把项目文件添加到版本库的索引中。
提交更改：右键单击项目，选择"Team" > “Commit”。在弹出的对话框中，输入提交信息，然后单击"Commit"按钮。这将把更改提交到版本库。
查看历史记录：右键单击项目，选择"Team" > “Show History”。这将显示项目的提交历史记录，包括每次提交的详细信息。
更新和合并：根据需要，可以使用"Team" > “Pull”（Git）或"Team" > “Update”（SVN）来获取远程仓库的最新更改。在合并更改时，请注意解决可能出现的冲突。
分支和标签：根据需要，可以创建分支（Branch）和标签（Tag）来管理项目的不同版本。在Eclipse中，可以通过"Team" > “Switch To”（Git）或"Team" > “Switch”（SVN）来切换到不同的分支或标签。
通过以上步骤，您可以在Eclipse中使用版本控制系统来管理Java项目的版本。请注意，这里提供的步骤仅作为参考，具体操作可能因版本控制系统和Eclipse版本而异。