Debian系统提供了丰富的文件管理工具，涵盖图形界面与命令行两类，选择时需结合使用习惯、桌面环境、功能需求（如轻量级、多面板、网络支持等）综合判断。
图形界面工具适合偏好可视化操作的用户，Debian主流桌面环境均有对应的默认工具，同时也支持跨环境安装：
Nautilus是Debian GNOME桌面的默认文件管理器，以集成度高、功能全面著称。核心功能包括：多标签页浏览、文件搜索（支持正则表达式）、压缩包管理（无需额外工具）、桌面集成（如直接打开CD/DVD刻录窗口）、自定义外观（图标/布局调整）。适合需要一体化桌面体验的GNOME用户，尤其适合新手。
Thunar是Xfce桌面的轻量级文件管理器，设计目标是“快速且易用”。其特点是界面简洁、资源占用低，支持通过插件扩展功能（如批量重命名、自定义操作、存档处理、媒体标签、Samba共享）。适合低配置设备或偏好“极简主义”的Xfce用户，插件生态丰富，能满足日常文件管理需求。
Dolphin是KDE桌面的轻量级但功能强大的文件管理器，兼顾易用性与灵活性。核心优势包括：URL导航栏（面包屑式路径，快速跳转）、拆分视图（同时查看/操作多个目录）、终端集成（内置Konsole，无需切换窗口）、KIO系统（支持网络访问，如ftp、sftp、webdav）。适合KDE用户，尤其适合需要高效文件操作的场景（如频繁复制/移动文件）。
PCManFM是LXDE桌面的默认文件管理器，以启动速度快（一秒内完成）、资源占用极低著称。支持gvfs（无缝访问远程文件系统，如sftp、smb）、选项卡式窗口（类似浏览器，方便文件拖动）、桌面管理（自定义壁纸、多显示器支持）、书签同步（与其他Gtk+应用共享）。适合低配置设备或偏好“轻量化”的LXDE用户。
Krusader是适用于KDE及其他桌面环境的高级双面板文件管理器，类似Total Commander。核心功能包括：双面板操作（同时管理两个目录，提升文件转移效率）、批量重命名（支持正则表达式、格式转换）、目录同步（双向/单向同步，保留文件属性）、文件比较（内部查看器对比内容差异）、挂载管理（支持USB、网络设备自动挂载）。适合高级用户或需要复杂文件操作的场景（如系统管理员整理文件）。
命令行工具适合偏好“键盘效率”、远程管理（如SSH）或脚本自动化的用户，Debian自带常用命令，无需额外安装：
包括ls（列出目录内容，-l显示详细信息、-a显示隐藏文件）、cd（切换目录，~代表家目录、..代表上级目录）、cp（复制文件/目录，-r递归复制目录）、mv（移动/重命名文件/目录）、rm（删除文件/目录，-r递归删除目录、-f强制删除）、mkdir（创建目录，-p递归创建多级目录）、rmdir（删除空目录）。这些命令是文件管理的基础，需熟练掌握。
find：查找文件/目录（支持按名称、类型、大小、时间过滤，如find /home -name "*.log"查找/home下所有.log文件）；grep：在文件中搜索文本（支持正则表达式，如grep "error" /var/log/syslog查找syslog中的error信息）；tar：打包/解压文件（如tar -czvf archive.tar.gz /path打包并压缩/path为archive.tar.gz，tar -xzvf archive.tar.gz解压）；chmod/chown：修改文件权限（如chmod 755 script.sh设置脚本可执行）/所有者（如chown user:group file.txt将file.txt所有者改为user，所属组改为group）。*（匹配任意数量字符，如*.txt匹配所有.txt文件）、?（匹配单个字符，如file?.txt匹配file1.txt、file2.txt）、[]（匹配括号内任意一个字符，如[abc]*.log匹配以a/b/c开头的.log文件）；|）：将前一个命令的输出作为后一个命令的输入（如ls -l | grep "txt"列出所有.txt文件的详细信息）；>：覆盖输出到文件，>>：追加输出到文件，如echo "new line" >> file.txt将“new line”追加到file.txt末尾）。根据自身需求选择合适的工具，能大幅提升Debian系统中的文件管理效率。