当MySQL的ibdata文件过大时，可以考虑以下几种处理方法：
重新配置InnoDB存储引擎：可以通过配置InnoDB的参数来限制ibdata文件的增长，例如设置innodb_file_per_table参数为ON，这样每个InnoDB表都会有单独的表空间文件，而不再存储在ibdata文件中。
优化数据库结构：检查数据库中是否有大量不必要的数据，可以考虑删除或归档不必要的数据，以减少ibdata文件的大小。
重新建立数据库：如果以上方法无法解决问题，可以尝试备份数据库，并重新建立一个新的数据库，然后将备份数据导入到新的数据库中。
拆分ibdata文件：有时候将ibdata文件拆分成多个较小的文件也可以减少文件的大小。可以参考MySQL的官方文档或其他资源来了解如何进行这种操作。
需要注意的是，在进行任何操作之前都要先备份数据，以防意外情况发生。如果不确定如何处理，建议咨询数据库管理员或专业人士的帮助。