要手动修复boot.ini文件非法的警告，您可以按照以下步骤进行操作：
首先，您需要使用Windows安装盘或USB启动盘启动您的计算机。
在进入安装界面后，选择您的语言和其他首选项，然后点击“下一步”。
在安装界面的左下角，您可以看到“修复您的计算机”选项，点击它。
接下来，在Troubleshoot（疑难解答）菜单中，选择“高级选项”。
在高级选项菜单中，选择“命令提示符”。
当命令提示符窗口打开后，输入以下命令来找到并修复boot.ini文件：
bootrec /fixboot
按下Enter键执行该命令。
完成修复后，关闭命令提示符窗口，并重新启动您的计算机。
如果仍然出现boot.ini文件非法的警告，您可以尝试重新创建boot.ini文件。在命令提示符窗口中，输入以下命令：
bootcfg /rebuild
按下Enter键执行该命令。
系统会自动扫描计算机上的操作系统，并提示您进行选择。根据系统提示，选择正确的操作系统。
在选择操作系统之后，系统会提示您输入操作系统的加载选项。根据您的需求输入相应的选项。
完成输入后，关闭命令提示符窗口，并重新启动您的计算机。
这些步骤应能够帮助您手动修复boot.ini文件非法的警告。请注意，在进行任何更改之前，建议您备份重要的文件和数据。如果您不确定如何执行这些步骤，建议您寻求专业人士的帮助。