PHP连接MSSQL比MySQL困难的原因可能有以下几点：
驱动支持：PHP的MySQL驱动（mysql和mysqli）是默认安装的，而连接MSSQL需要安装额外的驱动（如Microsoft提供的SQLSRV驱动），这会增加配置的复杂度。
服务器环境：MSSQL通常在Windows服务器上运行，而MySQL更常见于Linux服务器上，因此在Windows环境下连接MSSQL可能会更加顺畅。
安全性设置：MSSQL的默认安全性设置更加严格，需要在连接时进行一些额外的配置，而MySQL的默认设置相对较宽松。
授权认证：MSSQL通常使用Windows身份验证进行身份验证，而MySQL更常见地使用用户名和密码进行认证，因此在连接MSSQL时可能需要进行额外的身份验证配置。
总的来说，PHP连接MSSQL比连接MySQL困难的主要原因在于配置、环境和安全性设置的不同。但是只要按照官方文档和指南进行正确的配置，连接MSSQL也并不是特别困难的任务。