有几种可能的原因导致ClientScript.RegisterStartupScript方法不执行：
页面中存在其他脚本错误：如果页面中存在其他脚本错误，可能会导致ClientScript.RegisterStartupScript方法不执行。您可以在浏览器的开发者工具中查看控制台是否有任何脚本错误。
代码执行顺序问题：ClientScript.RegisterStartupScript方法必须在页面的<html>标记之后调用。如果在<html>标记之前或在<head>标记中调用该方法，它将不会执行。确保在合适的位置调用该方法。
使用了UpdatePanel控件：如果页面中存在UpdatePanel控件并且异步刷新了页面的一部分，那么ClientScript.RegisterStartupScript方法注册的脚本可能不会在页面部分刷新后执行。您可以尝试使用ScriptManager.RegisterStartupScript方法来代替ClientScript.RegisterStartupScript方法来解决这个问题。
页面的AutoEventWireup属性设置为false：如果页面的AutoEventWireup属性设置为false，则ClientScript.RegisterStartupScript方法可能不会执行。您可以将AutoEventWireup属性设置为true来解决这个问题。
请检查以上可能的原因，并根据具体情况进行调试和解决。