在Linux系统中，组织和存储JavaScript文件的方法与在其他操作系统中的方法类似。以下是一些建议，可以帮助您更好地组织JS文件：
按功能模块组织：将相关的函数和类组织在一起，以便于管理和维护。例如，如果您正在开发一个Web应用程序，可以将与用户身份验证相关的代码放在一个名为auth的文件夹中，将与数据处理相关的代码放在一个名为data的文件夹中。
使用MVC（模型-视图-控制器）架构：这是一种流行的设计模式，可以帮助您将业务逻辑、数据处理和用户界面分离。在这种架构中，您可以将模型、视图和控制器分别放在不同的文件夹中。
按层级组织：对于大型项目，可以使用层级结构来组织文件。例如，可以创建一个名为controllers的文件夹来存放控制器文件，一个名为models的文件夹来存放模型文件，以及一个名为views的文件夹来存放视图文件。
使用命名约定：为文件和文件夹使用有意义的名称，以便于其他开发人员理解项目的结构。例如，可以使用userController.js而不是uc.js来表示用户控制器文件。
将第三方库和依赖项放在单独的文件夹中：这有助于保持项目结构的整洁，并使得在需要时更容易更新依赖项。例如，可以创建一个名为node_modules的文件夹来存放Node.js项目的依赖项。
使用构建工具和自动化任务：许多构建工具（如Webpack、Gulp和Grunt）可以帮助您自动化诸如代码压缩、合并和编译等任务。这些工具通常具有配置文件，用于定义项目的结构和构建过程。
总之，组织JavaScript文件的关键是保持项目结构的清晰和一致。这将有助于提高代码的可读性和可维护性。