Java Office是一个基于Java的办公软件开发包，提供了处理办公软件文件的API，例如Excel、Word、PowerPoint等。而Apache POI是一个开源的Java API，用于处理Microsoft Office格式的文件，主要支持Excel和Word文件。
Java Office提供了更多的功能和支持更多的办公软件文件格式，例如PowerPoint、OpenDocument等，而Apache POI主要专注于处理Microsoft Office格式的文件。
此外，Java Office提供了更简单易用的API，更方便开发人员使用，而Apache POI相对更复杂一些，需要更多的学习和了解。
总的来说，Java Office更适合需要处理多种办公软件文件格式的项目，而Apache POI更适合处理Microsoft Office格式的文件。