Apache HBase是一个分布式、可扩展、面向列的开源KV数据库，它允许对数十亿行数百万列的表进行随机、实时的读/写访问。尽管HBase具有许多优点，但其存储结构也存在一些限制，主要包括以下几个方面：
- 硬件资源限制：磁盘I/O利用率和CPU利用率高可能导致性能瓶颈。
- 内存管理限制：MemStore大小和配置参数会影响写入性能。
- 表设计和rowkey设计限制：预分区和合理的rowkey设计可以提高性能，不合理的表结构或rowkey设计可能导致性能下降。
- 不支持非Java语言访问：HBase Serverless版本不支持非Java语言访问，也不支持Thrift。
- 不支持HBase系统管理API：HBase Serverless版本不支持HBase的系统管理API。
- 不支持集群管理相关操作：如assign region、flush、compaction、stopRegionServer等。
- 不支持访问底层HDFS：用户无法直接访问HBase底层存储的HDFS。
- 不支持使用Spark分析：HBase Serverless版本暂不支持Spark分析。
- 不支持用户自定义Filter：用户不能将自定义Filter类代码封装为JAR并上传到HBase的类路径下或HDFS中。
- 不支持Phoenix SQL和Solr：HBase Serverless版本暂不支持Phoenix SQL和Solr。
综上所述，HBase的存储结构虽然在大数据处理方面表现出色，但在实际应用中，用户需要根据具体需求和场景，权衡这些限制因素，以选择最适合的数据库解决方案。