MyBatis的timeout设置可以影响性能，特别是在处理大量数据或者复杂查询时。如果timeout设置得太短，可能会导致数据库查询没有足够的时间完成，从而导致查询失败或者性能下降。
另一方面，如果timeout设置得太长，可能会导致线程长时间阻塞在查询操作上，影响系统的响应性能和吞吐量。
因此，在设置timeout时，需要根据具体的业务需求和数据库性能来进行合理的调整，以保证查询操作能够在合理的时间内完成，并且不会对系统的性能造成过大影响。同时，还可以通过优化SQL语句、建立合适的索引等方法来提升系统性能。