在网站上存在JS注入问题时，可以采取以下措施来解决：
对用户输入进行过滤和验证，避免用户输入恶意代码。
在网站上使用安全的框架和库，如AngularJS或React等，以减少注入攻击的可能性。
对网站进行安全审计，及时发现和修复漏洞。
使用防火墙和其他安全措施来保护网站免受攻击。
对网站进行定期的安全测试和漏洞扫描，及时发现和修复安全漏洞。