AppDomain本身并不会直接影响版本兼容性。版本兼容性主要取决于你的代码和依赖项的实现。如果你的代码和依赖项在不同的版本之间有一定程度的兼容性，并且能够正确处理不同版本之间的差异，那么在同一个AppDomain中运行不同版本的代码是可能的。
然而，由于AppDomain本身是.NET中用于隔离和管理应用程序域的机制，不同版本的代码在同一个AppDomain中可能会导致一些问题，比如版本冲突、类型冲突等。因此，在实践中，为了确保稳定性和可靠性，最好将不同版本的代码放在不同的AppDomain中运行。
总的来说，AppDomain本身并不直接影响版本兼容性，但在实际开发中，需要谨慎处理不同版本代码的运行环境，以确保应用程序的稳定性和可靠性。