在Linux下为Java应用程序配置SSL证书，通常需要以下几个步骤：
首先，你需要从证书颁发机构（CA）获取SSL证书。这通常包括一个证书文件（如：your_domain.crt）、一个私钥文件（如：your_domain.key）和一个中间证书文件（如：intermediate.crt）。如果你是从Let’s Encrypt等免费证书颁发机构获取的证书，你可能还需要一个CA证书文件（如：ca_bundle.crt）。
Java使用KeyStore来管理证书和私钥。你需要将获取到的证书文件转换为Java KeyStore格式。可以使用以下命令将证书和私钥导入到Java KeyStore中：
# 创建一个PKCS12格式的KeyStore文件
openssl pkcs12 -export -in your_domain.crt -inkey your_domain.key -out your_domain.p12 -name your_domain -CAfile intermediate.crt -caname root
# 将PKCS12格式的KeyStore文件转换为Java KeyStore格式
keytool -importkeystore -deststorepass your_keystore_password -destkeypass your_key_password -destkeystore your_domain.jks -srckeystore your_domain.p12 -srcstoretype PKCS12 -alias your_domain
在执行这些命令时，你需要根据实际情况替换文件名和密码。
在你的Java应用程序中，需要配置SSL/TLS相关的参数。这通常可以在Java启动参数中完成。例如：
java -Djavax.net.ssl.keyStore=/path/to/your_domain.jks -Djavax.net.ssl.keyStorePassword=your_keystore_password -Djavax.net.ssl.trustStore=/path/to/your_domain.jks -Djavax.net.ssl.trustStorePassword=your_keystore_password -jar your_app.jar
在这些参数中，javax.net.ssl.keyStore 和 javax.net.ssl.trustStore 分别指向你的Java KeyStore文件和信任库文件。javax.net.ssl.keyStorePassword 和 javax.net.ssl.trustStorePassword 分别是它们的密码。
在完成上述步骤后，你可以使用以下命令来验证你的SSL配置：
openssl s_client -connect your_domain:443 -servername your_domain
如果一切正常，你应该能看到一个SSL握手成功的消息。
注意：这些步骤可能因Java版本和操作系统的不同而略有差异。请根据实际情况进行调整。