做企业服务器安全防护的方法有：1、制定内部数据安全风险管理制度；2、及时更新服务器中的软件版本；3、定期对服务器数据进行备份；4、定期对服务器进行安全检测；5、定期更新服务器系统以及软件补丁；6、给服务器安装并配置专业的网络安全防火墙；7、给服务器安装病毒查杀软件；8、给服务器接入专业的高防服务。
具体内容如下：
1、制定内部数据安全风险管理制度
制定公司内部数据泄露和其他类型的安全风险协议，包括分配不同部门以及人员管理账号、密码等权限，定期更新密码避免被黑客盗取，以及其他可行措施。
2、及时更新软件版本
及时更新软件版本，以避免你的服务器安全处于危险之中，使其漏洞被黑客利用并入侵。使用专业的安全漏洞扫描程序是一种保持软件实时更新的方式之一。
3、保留数据备份
确保您的服务器已设置定期数据备份，这样重要数据可在本地或其他位置生成备份，如果原始数据不幸损坏、丢失等情况发生时，你可以利用备份数据保证业务正常运行。
4、定期安全检测
定期进行安全检测，确保服务器安全，在非默认端口上设置标准和关键服务、保证防火墙处于最佳设置等，定期进行安全扫描，防止病毒入侵。
5、定期检测更新系统和软件补丁
定期安装最新的操作系统和软件更新/补丁，减少系统漏洞，提高服务器的安全性。
6、安装专业的网络安全防火墙
安装防火墙，这样进入服务器中的流量都是经常防火墙过滤之后的流量，防火墙内其他的流量直接被隔离出来，防火墙中一定要安装入侵检测和入侵防御系统，这样才能发挥防火墙的最大作用。
7、安装防病毒软件扫描程序
安装商业级反恶意软件和反病毒引擎，对服务器进行实时保护。此外，每周一次 “全系统扫描”，以确保服务器系统的安全。
8、接入专业的高防服务
DDOS攻击是目前最常见的攻击方式，攻击者利用大量“肉鸡”模拟真实用户对服务器进行访问，通过大量合法的请求占用大量网络资源，从而使真正的用户无法得到服务的响应，是目前最强大、最难防御的攻击之一。目前DDOS还没有什么彻底解决的方法，只能通过专业的网络高防服务进行防御，可以选用墨者盾高防来防御DDoS攻击。