系统升级与兼容性问题
Ubuntu的升级过程常被用户诟病，尤其是从长期支持版本（LTS）升级时，容易出现界面死机、系统崩溃等问题。此外，Canonical强制推广的Snaps包管理系统虽提升了安全性，但自动更新的特性导致部分应用程序出现兼容性问题（如功能缺失、性能下降），影响了用户体验。
市场竞争加剧
随着Linux发行版的不断发展，Fedora、Debian等竞争对手在系统更新、用户体验等方面表现突出，吸引了部分原本使用Ubuntu的用户。例如，Fedora在开发者社区中的人气持续上升，而Ubuntu在桌面市场的份额则受到挤压。
技术与社区挑战
Ubuntu的一些技术选择（如Unity桌面环境、自研的Upstart、Mir等）与其他主流Linux发行版不同，导致其在开源社区中的孤立感增强。同时，社区对Ubuntu的参与度和影响力有所减弱，部分用户认为其创新速度滞后于其他发行版。
硬件与性能问题
Ubuntu在硬件兼容性和性能优化方面仍有不足。部分旧款硬件（如特定型号的打印机、扫描仪）需要用户自行寻找驱动程序，而专业软件（如Adobe Photoshop、AutoCAD）对Linux系统的支持较差，导致创意设计、工程等领域的用户难以迁移。此外，若系统使用时间较长且未及时优化，可能出现性能下降（如频繁使用swap分区、启动变慢）。
用户体验与定位问题
Ubuntu的默认安装包含许多普通用户不需要的组件，未针对性能和安全进行充分优化，导致部分用户认为其“不够高效”。同时，随着Canonical将重心转向云计算和企业市场，桌面用户的关注度和资源投入减少，部分桌面用户感到困惑并转向其他更适合个人使用的发行版。
国产操作系统的竞争
国产操作系统（如Ubuntu Kylin，优麒麟系统）基于Ubuntu原版进行本地化开发，加入了原创UKUI界面、内置天气/农历日历、音乐搜索等符合中国用户习惯的功能，吸引了部分国内用户，进一步削弱了Ubuntu在国内桌面市场的竞争力。