使用Suhosin扩展来限制可用函数列表，可以通过suhosin.executor.func.blacklist配置项来禁用特定的函数。
使用Apache或Nginx服务器配置文件来限制PHP函数的执行权限，可以使用mod_security模块或者防火墙规则来实现。
使用PHP安全扩展，如PHP SAPI安全扩展，可以通过配置文件来禁用特定的函数。
在代码中使用try-catch块来捕获函数调用的异常情况，以防止攻击者利用已禁用函数执行恶意操作。
定期审查代码，确保没有使用已禁用的函数，避免安全风险的产生。