在MySQL中，可以使用base64_encode()和base64_decode()函数来对数据进行base64编码和解码。当对数据进行base64编码后存储在数据库中，与直接存储原始数据相比，有以下几点区别：
数据大小：base64编码会将原始数据转换为base64编码的字符串，通常会使数据变大约1/3左右。因此，base64编码后存储的数据会比直接存储原始数据占用更多的数据库空间。
数据可读性：base64编码后的数据是一串经过编码的字符，不易直观地理解和查看。而直接存储原始数据则可以直接查看和理解。
数据处理：对于需要对数据进行加密、传输或存储时，base64编码可以确保数据的完整性和安全性。但是在查询和处理数据时，需要先对数据进行base64解码，需要额外的处理步骤。
因此，在选择是否使用base64编码存储数据时，需要根据具体需求来考虑数据大小、可读性和处理方式等因素。