要确保C# libusb通信安全，可以采取以下措施：
- 使用安全的传输协议：USB通信本身可以提供加密和解密功能，因此可以使用这些功能来确保数据在传输过程中的安全性。例如，可以使用AES加密算法对数据进行加密，然后在接收端进行解密。
- 验证设备身份：在通信之前，应该验证设备的身份，以确保只有合法的设备可以与系统进行通信。这可以通过使用设备ID、密钥交换算法等方式来实现。
- 防止重放攻击：重放攻击是指攻击者捕获并重新发送之前的通信数据，以欺骗系统。为了防止这种攻击，可以使用时间戳、序列号等机制来确保数据的唯一性和时效性。
- 使用安全的编程实践：在编写C#代码时，应该遵循安全的编程实践，例如避免使用明文密码、定期更新密钥、限制对敏感数据的访问等。
- 更新和打补丁：及时更新libusb库和相关组件，以确保已经修复了已知的安全漏洞。
此外，还可以考虑使用其他安全措施，例如使用安全的通信协议（如HTTPS）进行数据传输，或者使用硬件级别的加密和身份验证机制来增强安全性。
需要注意的是，以上措施并不能完全保证C# libusb通信的安全性，因为安全性是一个相对的概念，取决于具体的攻击场景和安全需求。因此，在实际应用中，应该根据具体情况进行安全评估，并采取相应的安全措施来确保通信的安全性。