C#和Java都是流行的编程语言，它们在多个领域都有广泛的应用，包括生物工程。然而，是否常用取决于具体的应用场景和需求。
在生物信息学和计算生物学领域，Python通常是首选的编程语言，因为它拥有大量的库和工具，如NumPy、Pandas、SciPy、Matplotlib等，这些库可以用于数据分析、数据可视化、机器学习、基因组学等方面。Python的语法相对简单，易于学习和使用，因此在生物工程领域中非常受欢迎。
尽管如此，C#和Java在生物工程中也有其应用。例如，C#常用于Windows平台上的生物信息学软件开发，而Java则因其跨平台性和稳定性而受到一些生物信息学家的青睐。此外，一些生物信息学软件可能同时支持C#和Java作为编程语言。
总的来说，C#和Java在生物工程中并不是最常用的编程语言，但它们在某些特定场景下仍然具有重要价值。选择哪种编程语言取决于具体的需求、团队技能和资源可用性。