要解决php调用exe不能输出文件的问题，有以下几种可能的解决方案：
检查路径和文件权限：确保php可以访问和写入要输出的文件。可以检查文件路径和权限，并确保php脚本具有足够的权限来写入文件。
使用绝对路径：使用绝对路径来指定要输出的文件。这样可以避免路径错误导致无法输出文件。
检查exe是否正确输出文件：确保exe程序本身可以正确输出文件。可以尝试手动运行exe程序，检查是否能够生成所需的输出文件。
检查exe程序是否有足够的权限：如果exe程序需要特定的权限才能输出文件，确保它具有足够的权限。可以尝试以管理员身份运行exe程序，看看是否能够输出文件。
检查php调用exe的方式：确保php正确调用exe程序并传递正确的参数。可以通过调试和输出调试信息来检查php是否正确地调用了exe程序。
如果以上方法都没有解决问题，可能需要进一步检查exe程序本身的问题，或者考虑使用其他方法来实现所需的功能。