在Ubuntu系统下，make命令的依赖关系可以通过Makefile文件来管理。Makefile文件中定义了各个目标之间的依赖关系，以及如何生成目标文件。通过执行make命令，系统会自动根据Makefile文件中定义的依赖关系来编译生成目标文件。
在Makefile文件中，可以使用规则来定义目标文件之间的依赖关系，例如：
target: dependency1 dependency2
command1
command2
其中，target为目标文件，dependency1和dependency2为target的依赖文件，command1和command2为生成target文件的命令。
通过定义好依赖关系，并按照规则编写Makefile文件，可以有效管理make命令的依赖关系，实现自动化编译和构建。