C#调用Java的最佳实践是通过使用Java Native Interface（JNI）或者通过使用第三方库，如IKVM.NET。以下是两种方法的简要介绍：
使用JNI：JNI是Java平台提供的一种本地方法接口，可以让Java程序调用本地C/C++代码。通过JNI，可以编写一个Java本地接口（Java Native Interface）层，将C#代码包装成Java本地方法，并在Java代码中调用这些本地方法。这种方法需要一些额外的工作，比如编写JNI接口和处理数据类型转换等。
使用IKVM.NET：IKVM.NET是一个开源项目，可以将Java字节码编译成.NET程序集，并提供了一套API来实现Java和.NET的互操作。通过IKVM.NET，可以直接调用Java代码，而不需要手动处理JNI接口和数据类型转换。这种方法相对简单易用，但需要引入额外的第三方库。
总的来说，使用JNI需要更多的工作量和技术要求，但可以更灵活地控制调用过程；而使用IKVM.NET则更为简单，适合对互操作性要求不高的场景。具体选择哪种方法取决于项目需求和开发团队的技术实力。