在使用PHP的system()函数执行外部命令时，需要注意以下几点关于权限的问题：
PHP的system()函数执行外部命令的权限取决于PHP进程所在的用户的权限。这意味着如果PHP进程没有足够的权限执行外部命令，那么system()函数也将无法执行成功。
可以通过设置PHP的safe_mode来限制system()函数执行外部命令的权限。safe_mode是PHP中的一个安全特性，可以限制对文件和系统命令的访问权限，可以通过设置safe_mode_exec_dir来指定允许执行的外部命令目录。
可以通过设置PHP配置文件php.ini中的disable_functions选项来禁用system()函数，以防止恶意代码执行外部命令。
要注意避免用户输入直接传递给system()函数，以避免命令注入等安全问题。
总的来说，在使用PHP的system()函数执行外部命令时，需要谨慎处理权限问题，避免安全风险。