在R语言中，可以使用多种方法对比两组数据的差异。下面介绍几种常见的方法：
均值对比：使用t检验或方差分析（ANOVA）来比较两组数据的均值是否有显著差异。例如，可以使用t.test()函数进行t检验，使用aov()函数进行方差分析。
中位数对比：如果数据不符合正态分布，可以使用非参数方法进行中位数的对比。可以使用wilcox.test()函数进行Wilcoxon秩和检验。
分布对比：使用Kolmogorov-Smirnov检验或Anderson-Darling检验来比较两组数据的分布是否有显著差异。可以使用ks.test()函数进行Kolmogorov-Smirnov检验。
散点图对比：可以使用散点图来直观地比较两组数据的差异。使用plot()函数绘制散点图，可以使用不同颜色或符号表示两组数据。
相关性对比：可以使用相关性分析，如皮尔逊相关系数或斯皮尔曼相关系数，来比较两组数据的相关性。可以使用cor.test()函数进行相关性检验。
以上是常见的一些方法，具体选择哪种方法取决于数据的类型和研究问题的要求。