在Tomcat中部署PHP应用时，可以通过以下方式提高安全性设置：
使用最新版本的PHP和Tomcat：确保PHP和Tomcat都是最新版本，以确保已知的漏洞已修复。
配置Tomcat的安全性设置：通过修改Tomcat的配置文件（如server.xml）来限制对应用程序的访问权限，例如通过添加访问限制或设置访问控制。
配置PHP的安全性设置：在PHP的配置文件（如php.ini）中可以设置一些安全性选项，例如禁用危险的函数或开启安全模式。
使用防火墙和安全组：配置防火墙或安全组来限制对Tomcat和PHP应用的访问，只允许特定IP地址或端口访问。
定期更新和监控：及时更新Tomcat和PHP，监控系统日志以及应用程序的访问日志，及时发现异常行为。
使用HTTPS：为Tomcat和PHP应用配置HTTPS，以加密数据传输，防止数据被窃取或篡改。
强密码和访问控制：确保应用程序和数据库的访问都有强密码，并进行访问控制，限制用户权限。
使用安全的文件上传处理：对上传的文件进行严格的检查和过滤，防止恶意文件上传或执行。
使用安全的数据库操作：对数据库操作进行参数化查询，避免SQL注入攻击。
定期备份数据：定期备份Tomcat和PHP应用的数据，以防止数据丢失或被损坏。