日本服务器搭建网站保证数据安全的方法有：1、定期安装补丁和更新服务器系统，以此减少漏洞带来的安全风险；2、定期检查服务器的硬盘，以确保网站数据库的数据安全；3、定期检查服务器的日志，以此避免或减少损失；4、有针对性安装可靠的服务器软件，以确保数据的安全性及完整性；5、选择合适的日本服务器租用服务商，确保服务器出现故障时能够及时解决。
具体内容如下：
1、定期安装补丁与系统更新
由于服务器上并非所有软件或系统都能自动升级或更新，为了提高软件的安全性、易用性、减少漏洞带来的安全风险，需要运营人员定期对服务器系统进行检测、修补和更新。此外开发团队在业务搭建过程中难以测试每一个软件与硬件的兼容性，也不能测试补丁、更新潜在的问题，因此软件更新会带来更多的问题。因此，更新之前需要在沙盒环境中测试所有的补丁或更新。并做好评估，确保升级之后还可以回滚至旧版本。
2、定期检查本地硬盘
由于硬盘为服务器提供支持，承载工作负荷，存储用户数据等功能。若硬盘介质出现故障，将严重影响负载性能和稳定性。要定期检查硬盘，及时发现问题并进行分析修复，以保证硬盘正常运行。如果数据比较重要的话，最好是做raid架构进行备份确保网站数据库数据的安全性和冗余。
3、定期检查服务器日志
我们可以看到来自服务器事件日志的大量信息，如恶意软件日志、系统日志等，从日志中我们可以看到服务器存在什么问题，是否有受到攻击的迹象等等，及时发现问题，快速分析和解决，可以避免或减少损失。
4、安装可靠的服务器软件
在搭建服务器的时候除了内部安全设置还需要，安装必要的安全软件，此外还需要养成定期备份的习惯，这样才能够确保数据的安全性和完整性。
5、选择合适的服务商
租用日本服务器的时候选择合适的服务商非常重要，虽然日本机房的服务普遍都是比较可靠，但是并不是所有机房都是24小时在线的，所以在租用的时候最好选择这些机房服务商，以免出现故障无法第一时间解决。