在CentOS系统中彻底清理残留文件可以通过以下几种方法进行：
使用以下命令清理YUM缓存文件：
sudo yum clean all
如果使用的是CentOS 8及以上版本，可以使用以下命令清理DNF缓存：
sudo dnf clean all
使用以下命令自动检测并删除不再被任何软件包依赖的无用软件包：
sudo yum autoremove
CentOS可能保留多个旧版本的内核，这些旧内核占用大量空间但通常不必要。可以通过包管理工具列出并选择删除旧内核，或使用特定的清理脚本进行操作。
package-cleanup --oldkernels --count=2
使用以下命令查看各目录磁盘使用情况和文件系统总体磁盘使用情况，帮助找到占用磁盘空间最多的文件和目录。
df -h
du -sh /path/to/directory
日志文件会随着时间推移不断增大，可以使用 logrotate 工具定期清理和压缩旧的日志文件。
sudo logrotate /etc/logrotate.conf
通常是由cron作业定期执行的，但也可以手动运行。
清空用户目录下的回收站文件夹，释放被删除文件所占用的空间。
sudo rm -rf /home/username/.local/share/Trash/*
临时文件夹通常包含许多不必要的临时文件，定期清理可以帮助系统保持干净。
sudo rm -rf /tmp/*
sudo rm -rf /var/tmp/*
推荐工具：ncdu。ncdu 是一个磁盘使用分析器，它提供了一个界面来帮助你查看哪些文件和目录占用了太多空间，并提供删除选项。
使用以下命令清理系统缓存：
sync && echo 3 | sudo tee /proc/sys/vm/drop_caches
如果你使用的是Ubuntu或Debian衍生版的CentOS，可以使用以下命令清理APT缓存：
sudo apt clean
如果你在CentOS上运行Web服务，可能需要清理Composer缓存。
composer clear-cache
在执行以上操作时，请确保您有足够的权限，并在操作前对重要数据进行备份，以免误删重要文件导致不可预测的后果。