在Debian系统中，备份PHP文件和配置的过程可以分为以下几个步骤：
备份PHP文件：
首先，找到你的PHP文件所在的位置。通常情况下，它们位于/var/www/html或/var/www目录下。你可以使用rsync命令来备份这些文件。例如，如果你想将PHP文件备份到/home/yourusername/php_backup目录下，可以使用以下命令：
sudo rsync -av --progress /var/www/html/ /home/yourusername/php_backup/
这将会递归地复制所有PHP文件，并显示备份进度。
备份PHP配置文件：
PHP配置文件通常位于/etc/php目录下。你可以使用tar命令将这些配置文件打包备份。例如，如果你想将PHP配置文件备份到/home/yourusername/php_config_backup.tar.gz文件中，可以使用以下命令：
sudo tar -czvf /home/yourusername/php_config_backup.tar.gz /etc/php/
这将会创建一个名为php_config_backup.tar.gz的压缩文件，其中包含了/etc/php目录下的所有文件。
定期备份：
为了确保你的PHP文件和配置始终得到备份，你可以设置一个定时任务（cron job）来定期执行上述命令。首先，打开终端并输入crontab -e命令来编辑当前用户的crontab文件。然后，在文件末尾添加以下内容（以每天凌晨1点执行备份为例）：
0 1 * * * /usr/bin/rsync -av --progress /var/www/html/ /home/yourusername/php_backup/ && /usr/bin/tar -czvf /home/yourusername/php_config_backup_$(date +\%Y\%m\%d).tar.gz /etc/php/
保存并退出编辑器。现在，你的PHP文件和配置将每天自动备份到指定的目录。
注意：请根据实际情况替换示例中的路径和用户名。在执行任何操作之前，请确保你有足够的权限。