在CentOS系统上保障Java编译的安全性，可以采取以下措施：
1. 使用合适的JDK版本
确保使用与系统架构相匹配的JDK版本，例如64位系统应使用64位的JDK。
2. 配置安全管理器
- 启用安全管理器：可以通过命令行参数启用安全管理器，例如：
java -Djava.security.manager -Djava.security.policy=/path/to/your/new_policy_file.policy MyApplication。
- 配置安全策略文件：在策略文件中定义各种安全策略规则，如允许或拒绝特定代码对系统资源的访问。
3. 加密和签名
- 加密关键类和资源：对关键的类和资源进行加密和签名，确保在传输和存储过程中的安全性。
- 使用强加密算法：如AES和RSA，用于保护数据的机密性和完整性。
4. 防止反编译
- 代码混淆：使用代码混淆工具和技术，增加反编译的难度，保护Java字节码不被轻易破解。
5. 定期更新和补丁管理
- 及时更新系统和软件：保证系统和软件的及时更新，以防止已知的安全漏洞。
6. 系统安全配置
- 强化用户口令：设置复杂的口令，并保护口令文件不被未授权访问。
- 限制root账户自动注销时限：通过修改系统配置文件，限制root账户的自动注销时限。
7. 输入验证和清理
- 验证应用程序接收到的所有输入都是预期的格式和范围，防止注入攻击。
8. 使用安全的API和库
- 选择经过安全测试和广泛使用的库和框架，如Spring Security，定期更新依赖。
9. 安全编码实践
- 遵循最小权限原则，确保代码只能访问完成其功能所必需的资源。
- 对用户输入进行严格的验证和过滤，防止注入攻击。
通过上述措施，可以在CentOS系统上提高Java编译和运行的安全性，保护应用程序和用户数据的安全。