在MySQL升级时，GTID_MODE的兼容性取决于两个方面：MySQL版本和配置文件设置。
MySQL版本：在MySQL 5.6版本之前，GTID_MODE并不被支持，因此如果从一个旧版本升级到MySQL 5.6及以上版本，需要在升级后手动配置GTID_MODE。在升级时需要确保将GTID_MODE设置为OFF，然后在升级完成后再根据需要配置GTID_MODE为ON或者其他值。
配置文件设置：在升级MySQL时，需要注意新版本对配置文件的要求是否有变化。有些参数可能在新版本中被废弃或者改名，需要根据新版本的文档更新配置文件。特别是在涉及到GTID_MODE的情况下，需要确保在配置文件中正确设置GTID_MODE的值，否则可能会导致兼容性问题。
总的来说，在升级MySQL时需要留意GTID_MODE的兼容性，确保在升级完成后正确配置GTID_MODE，避免可能的兼容性问题。