在Debian上管理MongoDB的磁盘空间可以通过以下几个步骤进行：
删除旧的文档：使用 db.remove({}); 命令删除集合中的所有文档，以释放空间。
从副本集中移除待清理的成员：登录到副本集中的Primary服务器，使用 rs.remove("192.168.1.54:27019") 命令移除不再需要的副本集成员。
关闭并重新启动MongoDB服务：在删除文档和移除副本集成员后，需要关闭MongoDB服务，然后使用新的数据目录重新启动服务。可以通过修改 /etc/mongod.conf 文件中的 dbPath 和 logPath 配置项来指定新的数据目录和日志文件路径，然后执行 sudo systemctl restart mongod 命令重启服务。
使用MongoDB的Compact命令：MongoDB 3.2及更高版本支持 compact 命令，可以对单个集合进行压缩，去除文件碎片，减少磁盘空间占用。使用 db.yourCollection.runCommand("compact"); 或 db.runCommand({ compact : 'yourCollection' }); 命令进行压缩。
定期运行Compact命令：为了保持数据库的高效运行，建议定期对数据库中的集合运行Compact命令，以释放因数据更新而产生的空间碎片。
监控磁盘空间使用：使用 df -h 命令监控磁盘空间使用情况，及时发现问题。
配置数据存储引擎：MongoDB支持多种存储引擎，如 WiredTiger 和 In-Memory。确保使用适合工作负载的存储引擎，以优化空间使用和性能。
启用日志压缩：对于使用WiredTiger存储引擎的MongoDB实例，可以启用日志压缩功能，以减少日志文件占用的空间。
使用MongoDB Profiler：通过MongoDB Profiler记录耗时操作，帮助识别和优化可能导致空间使用增加的操作。
定期维护：包括清理无用的索引、删除过期的数据集等，以减少数据库的存储压力。
通过上述方法，可以有效地管理MongoDB在Debian上的磁盘空间，确保数据库的高效运行和数据的长期保存。