Java数据库连接池设置超时的原因主要有以下几点：
- 防止资源耗尽：如果没有超时机制，当应用程序尝试从连接池中获取连接但连接池中没有可用连接时，应用程序可能会一直等待，直到有新的连接被创建或者超时。这可能会导致资源耗尽，从而影响系统的稳定性和性能。
- 提高系统响应速度：通过设置合理的超时时间，可以确保在短时间内无法获取到连接时，应用程序能够及时响应并处理这种情况，而不是无限期地等待。这可以提高系统的响应速度和用户体验。
- 避免长时间占用连接：在某些情况下，应用程序可能会因为某些原因而长时间占用连接，而不释放回连接池。如果这种情况发生，那么其他需要使用连接的应用程序可能会因为无法获取到连接而被阻塞。通过设置超时时间，可以强制应用程序在一段时间后释放连接，从而避免这种情况的发生。
需要注意的是，超时时间的设置应该根据具体的应用场景和需求进行调整。如果超时时间设置得太短，可能会导致频繁的连接创建和销毁，从而增加系统开销；如果超时时间设置得太长，可能会导致某些应用程序无法及时获取到连接而被阻塞。因此，在实际应用中，需要根据系统的实际情况和需求来合理设置超时时间。