压缩算法：gzip使用DEFLATE算法进行压缩，而bzip2使用Burrows-Wheeler变换和霍夫曼编码算法进行压缩，因此bzip2通常能够达到更高的压缩比。
压缩速度：gzip通常比bzip2快，因为DEFLATE算法相对简单。bzip2虽然压缩效率高，但由于使用了更复杂的算法，压缩速度相对较慢。
压缩率：bzip2通常能够获得更高的压缩率，特别是对于文本文件和大型文件，bzip2的压缩效果更为显著。
支持的操作：gzip只支持压缩单个文件或标准输入输出，而bzip2支持压缩多个文件或目录。
兼容性：gzip是Unix和Linux系统中最常见的压缩工具之一，在各种平台上都有广泛的支持。bzip2相对而言不那么常见，但也可以在大多数Unix和Linux系统上找到。
综上所述，如果需要更高的压缩率且不在意压缩速度的话，可以选择bzip2进行压缩。如果对速度要求较高，可以选择gzip。