在CentOS系统上确保PHP应用程序的安全是一个涉及多个层面的任务，包括但不限于配置PHP、Apache/Nginx、数据库以及操作系统本身的安全设置。以下是一些关键点：
可以通过php.ini文件禁用可能会被远程执行的PHP函数，例如 eval()、exec()、passthru()、shell_exec()等。
确保Web服务器（如Apache或Nginx）以一个权限有限的用户运行，避免使用root用户。同时，通过Open_basedir或类似机制限制PHP脚本文件操作的目录范围，防止恶意代码访问或操作Web根目录之外的文件。
使用参数化查询或预处理语句来执行数据库操作，以避免SQL注入攻击。为数据库连接使用独立的低权限账户，不使用root账户直接连接数据库。
对用户输入的数据进行验证和清理，以防止跨站脚本攻击（XSS）。当输出数据到网页时，使用HTML实体编码来防止XSS攻击。
如果应用需要处理文件上传，应该严格限制可上传的文件类型和大小，并存储在服务器安全的目录中。
通过配置错误报告设置为仅开发者可见，不在生产环境中显示错误信息。将错误日志记录在服务器上，以便审计和排查问题。
保持PHP、Web服务器和所有使用的库及时更新，以修补已知的安全漏洞。可以使用自动更新工具或定期检查软件更新。
加密客户端与服务器之间的数据传输，防止中间人攻击和数据泄露。获取并安装SSL证书，配置Web服务器以支持HTTPS。
设置系统和Web服务器监控，以及时发现异常行为或攻击迹象。可以使用如Fail2Ban等工具来帮助检测和阻止恶意尝试。
通过上述措施，可以显著提高CentOS服务器上PHP应用程序的安全性，减少被攻击的风险。