R语言circlize包是怎样的

发布时间:2021-11-22 15:12:11 作者:柒染
来源:亿速云 阅读:285

R语言circlize包是怎样的,针对这个问题,这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答,希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

 
 代码
library(circlize)
library(RColorBrewer)
col<-RColorBrewer::brewer.pal(6,"Paired")
df<-data.frame(chr=sample(c(paste0("chr",1:6)),1000,replace = T),
               x=rnorm(1000),
               y=rnorm(1000))
head(df)
circos.initialize(factors = df$chr,x=df$x)
circos.trackPlotRegion(factors = df$chr,y=df$y,
                       panel.fun = function(x,y){
                         circos.axis()
                       })
for(i in 1:6){
  highlight.sector(sector.index = paste0("chr",i),col=col[i])
  circos.text(CELL_META$xcenter, CELL_META$ycenter,
              labels = paste0("chr",i),sector.index = paste0("chr",i))
}
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
circos.link("chr1",0,"chr2",0)
circos.link("chr4",c(-2,0),"chr3",c(-2,2),col="blue")
circos.link("chr4", c(0, 2), "chr6", c(-2, 0), col = "orange")
circos.link("chr5", c(0, 2), "chr1", c(-2, 2), col = "lightgrey")
circos.clear()
 
R语言circlize包是怎样的  
image.png

这里遇到一个问题是

circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)
circos.trackHist(df$chr,df$x,col=col)
 

为什么circos.trackPoints(df$chr,df$x,df$y,pch=16,cex=0.5,col=col)没有新创建一圈呢?
第二个问题是:
circos.text()函数的两个参数

CELL_META$xcenter

CELL_META$ycenter

是哪里来的呀?如果我想把文本放在每个单元格的中间是固定用这两个参数就可以吗?

另外的参数

关于R语言circlize包是怎样的问题的解答就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,如果你还有很多疑惑没有解开,可以关注亿速云行业资讯频道了解更多相关知识。

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r语言 circlize

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