如何使用R语言ggplot2画散点图

今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

 

重复的图片是Figure2中的散点图

 

这个图看起来有些像折线图，是因为散点太密集了

数据总共三列，一列x，一列y，还有一列是文字标签，想给哪个点添加文字标签，对应就在这一行写上文字标签的内容，不想添加就是空白

需要示例数据的可以直接留言，觉得本期推文还有帮助的话可以转发支持呀！

数据格式部分截图

这里介绍一个相对方便一点的读入数据方式，数据按照以上格式准备好，然后全选，右击选择复制，接下来打开R语言运行如下命令

df1<-read.table("clipboard",header=T,sep="\t")

这样就把数据读进来存储到df1里了

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()

 

• 第一种是直接对y进行log10，如下

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,
               y=log10(Cumultative.relative.abundance)))+
  geom_point()

• 第二种是叠加     scale_y_log10()函数

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()

 

这两种方法大家可以观察一下结果图

可以使用geom_text()或者geom_label()函数，geom_label()函数默认在文字外面有一个边框

p1<-ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_text(aes(label=text_label))
p1

 

如果用geom_label()函数的话是如下效果

p2<-ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_label(aes(label=text_label))
p2

 

这是因为即使没有文字，geom_label()也会在对应的位置添加文字边框

library(ggrepel)

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10()+
  geom_text_repel(aes(label=text_label))

 

这样效果好像也不是太好，还是出图后手动调整吧！

• 去掉灰色背景
• 更改y轴默认的刻度分隔点，现在是100,1000,10000，三个分隔，把它改成100,10000两个分隔

ggplot(df1,aes(x=Species.Rank,y=Cumultative.relative.abundance))+
  geom_point()+
  scale_y_log10(breaks=c(100,10000),
                labels=c(100,10000))+
  geom_text_repel(aes(label=text_label))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())