KEGG Reaction 数据库的原理是什么

这期内容当中小编将会给大家带来有关KEGG Reaction 数据库，文章内容丰富且以专业的角度为大家分析和叙述，阅读完这篇文章希望大家可以有所收获。

KEGG Reaction 是收录酶促反应相关信息的数据库，包含了所有代谢通路中的酶促反应和一些只在enzyme 数据库中有记录的酶促反应，每条记录用R Number 唯一标识。

R00259 的详细记录如下：

每个字段的含义如下：

这里有一个Reaction Class 的概念，kegg 根据反应两边化学物质转换的模式将酶促反应进行了分类。这个转换的模式叫做RDM 模式，R 代表 Reaction center, D 代表 Difference atom, M 代表 Matched atom。

kegg 官网给出了如下的示意图：

在理解上面这幅图之前，我们必须了解kegg atom type 这个概念。 kegg 对C, N, O, P, S 这5种原子根据相连的基团进行了分类，这个分类就是atom type;
完整的latom type 详见以下链接

http://www.genome.jp/kegg/reaction/KCF.html

这里我列出了上面示意图中涉及到的相关条目

R  代表对应的原子，比如C1a 中，R 代表C原子， N1a 中的R 代表N 原子。

在R00259对应的酶促反应中，出现了C00025 转化成 C00624 的情况，这两种物质转换对应的RDM模型是怎么样的呢？

首先将物质的结构式转换成atom type 的表示模式，其实就是将分子中的每个C, N, O, P, S 用对应的atom type 表示，然后观察反应前后对应的R, D, M 分别是什么元素，就能得到对应的RDM模型。通过RDM 模型就能知道这个反应对应的Reaction Class。如何准确的判断两种物质转换对应的RDM模型，官网上也没有非常详细的说明，这里我们简单理解，知道是根据这个概念对应reaction 进行分类的就可以了。

总结

1.Reaction数据库记录了酶促反应的信息，每个反应用R Number 标识；
2.对于所有的酶促反应，kegg 通过RDM 模型对其进行了分类。

上述就是小编为大家分享的KEGG Reaction 数据库了，如果刚好有类似的疑惑，不妨参照上述分析进行理解。如果想知道更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道。