PathVisio工具有什么用

发布时间:2022-01-17 10:59:27 作者:小新
来源:亿速云 阅读:268

小编给大家分享一下PathVisio工具有什么用,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具,通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图,甚至还可以进行富集分析。

软件的官网如下

https://www.pathvisio.org/

下载和安装

这款软件是java语言开发i的GUI 图形界面工具,官网提供了两种下载方式:
PathVisio工具有什么用
选择 Binary Installation 进行下载,由于该软件用java 程序开发,必须保证在电脑上安装了java 运行环境 (JRE), 下载之后解压缩,然后双击 pathvisio.bat 文件 就可以启动该软件。

初始界面如下:

PathVisio工具有什么用

编辑通路图

我们从wikipathway 下载的gpml 通路文件,可以直接导入这个软件中。以 WP554 这个通路为例

https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP554

从上面的链接下载该通路的gpml 文件,然后依次点击 File -> Import , 导入该文件,导入成功后,就可以看到通路图了。图中的每个元素,都是可以编辑的。

PathVisio工具有什么用

对于元素之间的连线,鼠标单击可以拖动;对于方框中的元素,单击选中之后,可以改变其大小,并移动其位置,双击会弹出编辑框,编辑节点上标注的label 信息。

不仅可以编辑原有的元素,还可以通过如下所示的工具栏中的选项,插入新的元素,具体的用法就不展开了。

PathVisio工具有什么用

对于编辑好的通路图,可以选择 File -> Export 进行导出,可以导出为图片,支持PDF, PNG,SVG, TIFF 4 种格式,也可以另存为gpml 等文件格式。

检索基因相关的通路信息

在右侧的面板上,有个Search 功能,可以查询基因对应的通路信息

PathVisio工具有什么用

首先需要一个用于检索的数据库,就是一个文件夹,这个文件夹下是所有pathway的gpml文件,可以从wikipathway 的官网得到。然后输入需要检索的基因名称,提供了Symbol 和 ID 两种格式。通过 Search 功能,可以方便的查询基因相关的通路信息。

这个软件还可以安装插件,使其功能更加强大。

以上是“PathVisio工具有什么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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