circos zooms怎么使用

发布时间：2021-12-18 15:05:30 作者：iii
来源：亿速云阅读：139

Circos Zooms 怎么使用

Circos 是一款功能强大的数据可视化工具，广泛用于基因组学、生物信息学等领域。它能够将复杂的数据以圆环图的形式展示出来，帮助用户更直观地理解数据之间的关系。Circos 提供了丰富的功能，其中 zooms 是一个非常有用的特性，允许用户对特定区域进行放大，以便更详细地查看数据。

本文将详细介绍如何在 Circos 中使用 zooms 功能，包括如何配置、调整和优化 zooms 设置，以便更好地展示数据。

1. 什么是 Circos Zooms？

Zooms 是 Circos 中的一种功能，允许用户对特定区域进行放大。通过 zooms，用户可以在全局视图中突出显示某个特定的区域，并在放大后的视图中查看该区域的详细信息。这对于展示基因组中的特定区域、基因簇或其他感兴趣的区域非常有用。

2. 配置 Circos Zooms

要在 Circos 中使用 zooms，首先需要在配置文件中进行相应的设置。以下是一个基本的 zooms 配置示例：

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们定义了一个 zoom，它将放大 hs1 染色体上从 1000000 到 2000000 的区域，并将该区域的显示比例放大到原来的 2 倍。

2.1 参数说明

chr: 指定要放大的染色体或区域所在的染色体名称。
start: 指定要放大的区域的起始位置。
end: 指定要放大的区域的结束位置。
scale: 指定放大的比例。例如，scale = 2 表示将区域放大到原来的 2 倍。

2.2 多个 Zooms

你可以在配置文件中定义多个 zooms，以便同时放大多个区域。以下是一个包含多个 zooms 的示例：

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
    </zoom>
    <zoom>
        chr = hs2
        start = 500000
        end = 1500000
        scale = 3
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们定义了两个 zooms，分别放大 hs1 和 hs2 染色体上的不同区域。

3. 调整 Zooms 的显示效果

除了基本的 zooms 配置外，你还可以通过调整其他参数来优化 zooms 的显示效果。以下是一些常用的调整选项：

3.1 设置 Zooms 的颜色

你可以为每个 zoom 设置不同的颜色，以便在图中更清晰地识别不同的放大区域。以下是一个设置 zoom 颜色的示例：

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
        color = red
    </zoom>
    <zoom>
        chr = hs2
        start = 500000
        end = 1500000
        scale = 3
        color = blue
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们为每个 zoom 设置了不同的颜色，hs1 区域的放大区域将显示为红色，hs2 区域的放大区域将显示为蓝色。

3.2 设置 Zooms 的透明度

你还可以通过设置 alpha 参数来调整 zooms 的透明度。以下是一个设置 zoom 透明度的示例：

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
        color = red
        alpha = 0.5
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们将 hs1 区域的放大区域的透明度设置为 0.5，使其在图中显示为半透明。

3.3 设置 Zooms 的边框

你还可以为 zooms 设置边框，以便更清晰地标识放大区域。以下是一个设置 zoom 边框的示例：

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
        color = red
        stroke_color = black
        stroke_thickness = 2
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们为 hs1 区域的放大区域设置了黑色的边框，并将边框的厚度设置为 2。

4. 优化 Zooms 的显示效果

为了获得更好的显示效果，你可以结合其他 Circos 功能来优化 zooms 的显示。以下是一些常用的优化技巧：

4.1 结合 Links 使用

Links 是 Circos 中用于连接不同区域的线条。你可以将 zooms 与 links 结合使用，以便在放大区域中更清晰地展示连接关系。以下是一个结合 links 和 zooms 的示例：

<links>
    <link>
        ribbon = yes
        color = grey_a2
        radius = 0.95r
        bezier_radius = 0.1r
        <link_rule>
            condition = var(value) > 0.5
            color = red
        </link_rule>
        <link_rule>
            condition = var(value) < 0.5
            color = blue
        </link_rule>
    </link>
</links>

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
        color = red
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们定义了一个 link，并根据 value 的值设置不同的颜色。同时，我们定义了一个 zoom，放大 hs1 染色体上的特定区域。通过结合 links 和 zooms，我们可以在放大区域中更清晰地展示连接关系。

4.2 结合 Highlights 使用

Highlights 是 Circos 中用于突出显示特定区域的功能。你可以将 zooms 与 highlights 结合使用，以便在放大区域中更清晰地展示感兴趣的区域。以下是一个结合 highlights 和 zooms 的示例：

<highlights>
    <highlight>
        file = data/highlights.txt
        r0 = 0.9r
        r1 = 1r
    </highlight>
</highlights>

<zooms>
    <zoom>
        chr = hs1
        start = 1000000
        end = 2000000
        scale = 2
        color = red
    </zoom>
</zooms>

在这个示例中，我们定义了一个 highlight，并从 data/highlights.txt 文件中读取数据。同时，我们定义了一个 zoom，放大 hs1 染色体上的特定区域。通过结合 highlights 和 zooms，我们可以在放大区域中更清晰地展示感兴趣的区域。

5. 总结

Zooms 是 Circos 中一个非常有用的功能，允许用户对特定区域进行放大，以便更详细地查看数据。通过合理配置和调整 zooms 参数，并结合其他 Circos 功能，你可以创建出更加直观和美观的数据可视化图表。希望本文的介绍能够帮助你更好地理解和使用 Circos 中的 zooms 功能。