circos zooms怎么使用

本篇内容介绍了“circos zooms怎么使用”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

在展示染色体信息时，如果想要重点展示其中某一段区域的信息，可以借助zooms来实现。zooms起到一个伸缩的功能，将原本的区域放大或者缩小。

配置文件写法如下：

zooms由多个zoom构成，每个zoom必须具备以下几个参数

1. chr

2. start

3. end

4. scale

   
   

其中chr, start , end这三个参数指定需要缩放的染色体区域，scale指定需要缩放的倍数。

看一个具体的例子：

在上面的示意图中，对染色体多处区域进行了缩放。其中对1号染色体上的部分区域进行了放大，对2号染色体上的部分区域进行了缩小。

1号染色体100-120Mb区域放大2倍，接下来的区域依次类推，分别放大了3倍， 4倍，5倍；对应配置文件的写法为

2号染色体100-120Mb 区域缩小为原来的0.5倍，接下来的区域依次类推，分别缩小为原来0.25， 0.1，0.25， 0.5；对应配置文件的写法为

在上述的例子中，需要缩放的区域之间没有重叠，当这些区域之间以后重叠时，重叠区的缩放比例以最高的为准。比如下面的缩放比例

实际处理时会变成如下的缩放比例

对于没有争议的区域，就按照指定的比例缩放，对于指定了多个缩放比例的overlap区，以最大的数值作为最终的缩放比例。

在zoom相关参数中，还有两个很特别的参数

1. smooth_distance

2. smooth_steps

   
   

写法如下：

这两个参数的作用是控制邻近区域的缩放情况。不指定这两个参数时，只有目标区域会进行缩放；指定这两个参数后，会对上下游区域进行缩放。

smooth_distance控制需要缩放的上下游区域的距离，2r代表是目标区域的两倍，由于目标区域为120u到125u, 长度为5M,需要缩放的上下游区域就是2 X 5 = 10M，这些区域也需要方法scale倍数； smooth_steps控制上下游区域缩放的步数，上下游区域的缩放比例是一个线性增长的关系，在下面的示意图中，可以看到，1号染色体目的区域上游的10M区域110-120, 也放大为原来的10倍，其缩放不是整个区域直接放大10倍，而是划分成了10个子的区域，每个区域缩放比例逐渐递增，有1.8递增到9.2，总和加起来是原先的10倍。

对于zooms而言，其参数一共只有6个，具体的含义上文也给很给出了详细的解释。但是对于染色体的缩放，除了zooms之外，还有其他的参数也可以实现

1. 对整个染色体进行缩放

通过chromosomes_scale参数来实现，写法如下

chromosomes_scale = hs1:0.2;hs2:0.2;hs3:0.2;hs8:5;hs9:5;hs10:5

hs1:0.2表示将1号染色体缩小为原来的0.2倍，对于每条染色体的缩放比例，采用分号分隔。

2. 对染色体部分区域进行缩放

写法如下

chromosomes = hs1[a]:0-20;hs2[b]:0-20;hs1[c]:20-40;hs2[d]:20-40;hs1[e]:40-60;hs2[f]:40-60
chromosomes_scale = a:0.5;b:0.5;e:5;f:5

以hs1为例，在chromosomes中，指定了a, c, e3个区间，在chromosomes_scale中，对这3个区间进行了缩放。

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