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这篇文章主要介绍GeneMark-ES软件有什么用，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！
GeneMark-ES软件用于预测真核生物中的蛋白编码基因，和其他预测基因结构的软件不同，它采用的是非监督算法，可以不依赖训练集进行预测。官网如下
http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html
安装过程如下：
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_key_64.gz wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_et_linux_64.tar.gz tar xzvf gm_et_linux_64.tar.gz gunzip gm_key_64.gz cp ../../gm_key_64 ~/.gm_key
gm_key文件是软件的通行证，需要拷贝到家目录下，软件本身只需要解压缩就可以了。
基本用法如下
gmes_petap.pl --ES --cores 10--sequence genome.fa
gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET两个功能，genemark-ES用于基因组数据的预测，geneMark-ET用于转录组数据的预测。
--ES表示采用genemark-ES算法，--cores指定并行的CPU个数，--sequence指定输入的fasta格式的序列。
对于真菌，有专门的参数，示例如下
gmes_petap.pl --fungus --cores 10--sequence genome.fa
默认配置下，输出文件名为genemark.gtf, 保存在软件的安装目录，采用GTF格式来记录基因的结构信息。
以上是“GeneMark-ES软件有什么用”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！希望分享的内容对大家有帮助，更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！
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