HACER human增强子数据库的示例分析

今天就跟大家聊聊有关HACER human增强子数据库的示例分析，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。

大多数的增强子数据库利用chip_seq,DNase_seq和CAGE_seq的数据来鉴定增强子, HACER则通过GRO_seq和PRO_seq来分析增强子RNA，从而达到鉴定已经激活的增强子的目的。

与其他增强子数据相比较的情况示意如下

该数据库的网址如下

http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/

对于鉴定到的增强子区域，该数据库同样提供了以下3种调控关系

1. TF-Enhancer

2. Enhancer-target gene

3. Enhancer-promoter

   
   

同时对于增强子对应的基因组区域，还提供了该区域内的GWAS SNP和eQTL 变异位点信息，图示如下

由于增强子的组织和细胞特异性，在该数据库中通过Browser菜单，可以浏览不同细胞系中的增强子信息，示意如下

勾选感兴趣的细胞系前的单选框进行查看，以GM12878为例，检索结果示意如下

点击增强子ID,可以查看详细信息, 以AE_hg19_GM12878_20878`为例，结果如下所示

1. Basic

2. TF binding

3. Target Gene

4. GWAS

5. eQTL

该数据库中的信息是免费下载的，通过该数据库，可以方便的探索增强子，TF, 基因的调控网络，还可以结合突变信息，将基因组和转录调控多层次，多组学的数据结合起来使用，对于探究具体的机制提供更多的参考信息。

看完上述内容，你们对HACER human增强子数据库的示例分析有进一步的了解吗？如果还想了解更多知识或者相关内容，请关注亿速云行业资讯频道，感谢大家的支持。