HiC-Pro怎么用

发布时间:2021-12-27 10:38:54 作者:小新
来源:亿速云 阅读:199

这篇文章主要为大家展示了“HiC-Pro怎么用”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“HiC-Pro怎么用”这篇文章吧。

HiC-Pro软件非常灵活,不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据,也可以处理capture Hi-C数据。软件安装过程如下

yum install -y epel-release
# R
yum install -y R
R
install.packages(c("ggplot2", "RColorBrewer"))
# python
yum install -y gcc gcc-c++ make
yum install -y python2 python-devel  python2-pip
pip install pysam
pip install "scipy<1"
pip install bx-python
# bowtie2
yum  install -y wget
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip
# samtools
yum install bzip2 bzip2-devel libcurl libcurl-devel ncurses-devel openssl openssl-devel
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.6/samtools-1.6.tar.bz2
tar xjvf  samtools-1.6.tar.bz2
cd samtools-1.6/
./configure
make
make install
# HiC-Pro
wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz
tar xzvf v2.11.1.tar.gz
cd HiC-Pro-2.11.1
make configure
make install

安装好之后,需要准备以下几种参考物种的相关文件

1. 酶切图谱

通过软件自带的脚本可以产生基因组对应的酶切图谱,输入内切酶的名称或者酶切位点序列都可以,用法如下

digest_genome.py -r A^AGCTT -o mm9_hindiii.bed mm9.fasta
digest_genome.py -r hindiii -o mm9_hindiii.bed mm9.fasta
2. 参考基因组索引

软件采用bowtie2将reads比对到参考基因组上,所以需要对基因组的fasta文件建立索引,用法如下

bowtie2-build hg19.fasta hg19
3. 染色体长度文件

从UCSC下载染色体长度文件,或者自己根据fasta序列统计长度都可以,该文件内容如下

chr1    249250621
chr2    243199373
chr3    198022430
chr4    191154276

这里我们用官网提供的测试数据展示下基本用法,首先下载测试数据

wget --no-check-certificate https://zerkalo.curie.fr/partage/HiC-Pro/HiCPro_testdata.tar.gz
tar xzcf HiCPro_testdata.tar.gz

HiC-Pro的所有参数都记录在配置文件中,安装目录提供了配置文件的模板config_test_latest.txt`, 在此基础上进行编辑就可以了。常见的需要配置的参数如下

BOWTIE2_IDX_PATH = /data/annotation/Human/hg19/base
REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes
GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT

对于这个测试文件,只需要编辑bowtie2索引所在目录就可以了,编辑好之后直接运行,用法如下

HiC-Pro -i test_data/ -o out_dir -c config_test_latest.txt

用法非常简单,-i参数指定样本fastq文件文件所在目录,-o参数指定输出结果的目录,-c参数指定配置文件的名称。

对于fastq文件所在目录,结构如下所示

├── dixon_2M
│   ├── SRR400264_00_R1.fastq.gz
│   └── SRR400264_00_R2.fastq.gz
└── dixon_2M_2
   ├── SRR400264_01_R1.fastq.gz
   └── SRR400264_01_R2.fastq.gz

每个样本一个子文件夹,下面是对应的双端测序的fastq文件。输出结果目录如下

|-- bowtie_results
|-- config_test_latest.txt
|-- hic_results
|-- logs
|-- rawdata -> /HiC-Pro-2.11.1/test_data/
`-- tmp

其中hic_results目录下是最终结果,包含了不同分辨率下的hi-c图谱和质控的图表。


以上是“HiC-Pro怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

推荐阅读:
  1. 怎么用vuex
  2. 怎么用redis

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

hic-pro

上一篇:怎么用numpy.random.uniform实现均匀分布

下一篇:JAVA如何包装类、自动拆箱和装箱

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》