oncomirdb是一款什么miRNA数据库

小编给大家分享一下oncomirdb是一款什么miRNA数据库，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

oncomirdb通过文献检索的方式，从pubmed的多篇文献中收集整理出了肿瘤相关的miRNA信息，对应的文章发表在bioinformatics上，链接如下

https://academic.oup.com/bioinformatics/article/30/15/2237/2389945

网址如下

http://lifeome.net/database/oncomirdb/

将符合以下条件的miRNA定义为肿瘤相关的miRNA

1. 该miRNA调控原癌基因或者抑癌基因

2. 该miRNA与肿瘤的表型或者细胞过程相关

   
   

而且必须是文献中有对应的实验手段验证的过的，才会收录到该数据库中。目前，该数据库共收录了328个miRNA和对应的829个靶基因。

通过首页的search菜单，可以根据miRNA ID, 肿瘤类型，组织类型等多种字段进行检索，以乳腺癌为例，检索结果如下所示

1. table

在表格中给出了肿瘤相关的miRNA,靶基因，功能，对应的文献等信息，示意如下

点击more, 可以查看详细信息，示意如下

2. network

将该肿瘤中miRNA和靶基因的调控关系以网络的形式进行展现，示意如下

蓝色节点代表miRNA, 黄色节点代表对应的靶基因。该数据库中收录的miRNA与肿瘤的关系，都有对应的文献支持，在研究肿瘤相关的miRNA时，非常值得参考。

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