下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么

下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。

1. aspera 工具下载
2. wget, curl 命令直接下载
3. NCBI官方的  SRA Toolkit 进行下载

ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting.Session Stop  (Error: Failed to open TCP connection for SSH)

即2019开始，SRA数据库的数据存储方式做出了改变，使用ascp来下载数据可能会带来其他的一些问题。

下载安装SRA Toolkit：

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

下载二进制（binaries）版本，下载下来即可使用，不需要编译安装。

解压后加入环境变量。

使用 prefect 下载数据：

方法一：

直接指定Run编号进行下载，如：SRR1482462

prefetch SRR1482462

方法二：

批量下载一个Project的所有Run/Sample :

先进入其中一个run的页面，点击“All run”

然后点击“Accession List”，会下载一个名为“SRR_Acc_List.txt”的文件，这个文件里面有所有run的编号。

使用如下命令批量下载 (放入后台不中断下载：nohup cmd &)：

nohup prefetch -O . $(<SRR_Acc_List.txt) &

Note:

1. aspera 在下载其他数据库（如EBI）的数据时，仍然是十分不错的工具

2. 下载完之后，可以用如下命令批量解压：

for f in *.sradonohup fastq-dump --split-3 $f &done

关于下载NCBI SRA数据的最佳方法是什么问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注亿速云行业资讯频道了解更多相关知识。