如何用MEGA构建进化树

发布时间:2021-12-10 11:11:08 作者:柒染
来源:亿速云 阅读:3602

如何用MEGA构建进化树,很多新手对此不是很清楚,为了帮助大家解决这个难题,下面小编将为大家详细讲解,有这方面需求的人可以来学习下,希望你能有所收获。

年引用量超大的 MEGA软件,今天小编就先来介绍这个软件的一个小功能-构建进化树。建树之前的两个工作。  

第一步:下载软件      
   

虽说版本都更新到X了,但小编还是比较喜欢用MEGA7这个版本,从官网上下载即可。这个版本的界面是酱紫的。

如何用MEGA构建进化树

第二步:整理FASTA格式的文件        
   

如何用MEGA构建进化树

序列比对


(1)打开MEGA软件。点击Align→Edit/Build Alignment→create a new alignment→OK→DNA/Protein;

如何用MEGA构建进化树

(2)之后会弹出来这样的界面,点击左边红框里的按钮导入文件,全选之后点击右边序列对比快捷键,进行序列对比;

如何用MEGA构建进化树

(3)所有的参数默认,进行序列比对;

如何用MEGA构建进化树

(4)保存比对结果,保存为mas文件。

构建进化树



 

(1)点击Phylogeny按钮,一般常见的树有两种:Maximum Likehood Tree和Neighbor-Joining Tree,这里我们选择后者举例。导入比对好的序列会出现下图左边的两个图标。敲黑板下一步一定要设置的参数,选择Bootstrap,并设置为1000;

如何用MEGA构建进化树

(2)运行,这个过程需要等待;

如何用MEGA构建进化树

(3)大功告成,点击下面红框里面的按钮可以进行调整。

如何用MEGA构建进化树

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