如何进行单基因的tcga数据挖掘分析

TCGA数据库关于食管癌的，分成ESCC和EAC，其中ESCC好发于中国人群，关心TCGA数据库里面的90个ESCC病人。

根据CCL2基因的表达量，可以把TCGA数据库里面的90个ESCC病人分成高低表达CCL2的两个组，然后可以差异分析，GSEA分析等等

这次的学徒作业是完成下面的4幅图：

• e Heatmap of gene expression profiles of human ESCC cases (     n = 90) from TCGA database.
• f Pearson correlation analysis shows tight association of CCL2 with CCR2 and PD-1.
• g Gene set enrichment analysis (GSEA) between group high (     n = 52) and low (     n = 38) of CCL2 expression shows enriched pathways associated with PD-1 signaling.
• h Heatmap shows that expression of PD-1 signaling pathway associated genes is correlated with CCL2 expression in human ESCC

如下图：

其中图f可以直接网页工具做出来，UCSC的xena浏览器，或者GEPIA2都可以，需求最大的是tcga数据库的生存分析和表达量差异。