R语言如何实现可视化展示gff3格式基因组注释文件

使用R语言的 ggbio 这个包可视化gff3格式的基因组注释文件

我用到的文件是NCBI下载的拟南芥注释文件，为了减小计算压力，我只用到了gff文件的前119行，两个基因。

用到的函数是 GenomicFeatures R包中的 **makeTxDbFromGFF()**函数

library(GenomicFeatures)
txdb<-makeTxDbFromGFF(file="practice.gff",format="gff3")

用到的 ggbio 这个包中的 **autoplot()**这个函数

library(ggbio)
autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id")+
  theme_bw()

结果

可以通过fill参数设置不同的颜色

autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id",fill="red")+
  theme_bw()

 

不同的基因填充不同的颜色

autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id",aes(fill=gene_id))+
  theme_bw()

 

现在还不知道如何给同一个基因不同的部分（utr,exon,intron）等填充不同的颜色 还有就是 makeTxDbFromGFF() 函数读入的数据存储格式还没搞懂

开头提到的参考资料里有一幅图将 reads数量， 覆盖度的折线图，vcf文件的结果，gff可视化的结果画到了一起，做基因组重测序分析应该会用得到。这里暂时不重复了。等用到的时候再说。