plink 软件core dumped报错怎么办

发布时间:2022-01-20 13:59:30 作者:柒染
来源:亿速云 阅读:166

本篇文章为大家展示了plink 软件core dumped报错怎么办,内容简明扼要并且容易理解,绝对能使你眼前一亮,通过这篇文章的详细介绍希望你能有所收获。

在使用plink1.9版本时遇到core dumped报错,运行命令如下:

/share/work/biosoft/plink/plink_v1.9/plink --vcf  /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz --make-bed --extract ld.prune.in --out LDfiltered --recode vcf-iid  --keep-allele-order  --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:#

报错信息如下:

PLINK v1.90b3.32 64-bit (24 Feb 2016)      https://www.cog-genomics.org/plink2
(C) 2005-2016 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to LDfiltered.log.
Options in effect:
  --allow-extra-chr
  --extract ld.prune.in
  --keep-allele-order
  --make-bed
  --out LDfiltered
  --recode vcf-iid
  --set-missing-var-ids @:#
  --vcf /share/nas1/wangq/project/pop_test/pop_cucu_demo/work/ann/1.qc_filter/filtered_snp.vcf.gz
128701 MB RAM detected; reserving 64350 MB for main workspace.
--vcf: LDfiltered-temporary.bed + LDfiltered-temporary.bim +
LDfiltered-temporary.fam written.
9696 variants loaded from .bim file.
9696 missing IDs set.
114 people (0 males, 0 females, 114 ambiguous) loaded from .fam.
Ambiguous sex IDs written to LDfiltered.nosex .
--extract: 435 variants remaining.
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked.
Before main variant filters, 114 founders and 0 nonfounders present.
Calculating allele frequencies... done.
Total genotyping rate is 0.952531.
435 variants and 114 people pass filters and QC.
Note: No phenotypes present.
--make-bed to LDfiltered.bed + LDfiltered.bim + LDfiltered.fam ... done.
--recode vcf-iid to LDfiltered.vcf ... done.
Segmentation fault (core dumped)

尝试各种方法后使用2.0版本plink后没有再遇到该报错。

上述内容就是plink 软件core dumped报错怎么办,你们学到知识或技能了吗?如果还想学到更多技能或者丰富自己的知识储备,欢迎关注亿速云行业资讯频道。

推荐阅读:
  1. 易语言获取计算机硬盘信息的代码
  2. Shell中怎么利用plink工具实现远程批量关机

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

plink

上一篇:微信小程序开发中如何实现从本地相册选择图片或使用相机拍照

下一篇:XHTML与HTML的区别是什么

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》