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本篇内容介绍了“metadata中怎么实现按列分组”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
metadata中按列分组,做差异比较分析,可以利用 merge_tsv_files.r 或者 merge_metadata_genexpdata.r 将比较的信息合并到metadata中:
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/compare_stat_boxplot.r [-h] -m filepath -v variate [variate ...] -g group [-b groupby] [-G geom] [--addDot] [-p palette [palette ...]] [-T title] [-x xlab] [-y ylab] [-o path] [-n prefix] [-H number] [-W number] box plot and stat : optional arguments: -h, --help show this help message and exit -m filepath, --metadata filepath input metadata file path[required] -v variate [variate ...], --variate variate [variate ...] variate for box [required] -g group, --group group group name from metadata to test[required] -b groupby, --groupby groupby main group name from metadata to subset [default NULL] -G geom, --geom geom set type of plot: boxplot, violin, splitviolin [default=boxplot] -p palette [palette ...], --palette palette [palette ...] fill color palette [default ('#e41a1c', '#377eb8', '#4daf4a', '#984ea3', '#ff7f00', '#ffff33', '#a65628', '#f781bf', '#999999')] -T title, --title title the label for main title [optional, default: ] -x xlab, --xlab xlab input xlab [default ] -y ylab, --ylab ylab input ylab [default value] -o path, --outdir path output file directory [default /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/07.survival] -n prefix, --name prefix out file name prefix [default demo] -H number, --height number the height of pic inches [default 5] -W number, --width number the width of pic inches [default 3]
-m 指定metadata文件
-v 指定要比较的变量所在的列列名,可以多个
-g 指定分组列列名
-G 指定输出 boxplot类型
Rscript $scriptdir/compare_stat_boxplot.r -m ../08.Nomogram/nomogram_metadata.tsv \ -v PDGFRL CXCR4 PAK3 CSF1R PDCD1 \ -g risk.group -n signature.geneExp -W 10 -G boxplot -y "log2(TPM)"
“metadata中怎么实现按列分组”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!
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