blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息

发布时间:2022-03-21 10:37:11 作者:iii
来源:亿速云 阅读:443

今天小编给大家分享一下blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息的相关知识点,内容详细,逻辑清晰,相信大部分人都还太了解这方面的知识,所以分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后有所收获,下面我们一起来了解一下吧。

blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas
#提取基因列表对应的蛋白序列:
python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \
  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query
#转录因子blastp注释
blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -max_hsps 1  \
  -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2   \
  -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\
  -out tf.blast.out

以上就是“blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获,小编每天都会为大家更新不同的知识,如果还想学习更多的知识,请关注亿速云行业资讯频道。

推荐阅读:
  1. OGG运维优化脚本(五)-信息修改类--批量注释
  2. python如何批量注释

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

blast

上一篇:R语言怎么构建进化树

下一篇:MFP

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》