blast如何批量注释输出结果指定需要的列信息

发布时间:2022-03-21 10:37:11 作者:iii
来源:亿速云 阅读:445

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blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas
#提取基因列表对应的蛋白序列:
python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \
  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query
#转录因子blastp注释
blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -max_hsps 1  \
  -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2   \
  -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\
  -out tf.blast.out

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